Comme nous l'avons suggéré dans la partie introductive de ce travail, la Physique aristotélicienne comporte un défaut majeur aux yeux de Patočka : elle ne porte que sur une région localisée du réel, à savoir la partie du monde située sous l'orbite de la lune. Seuls les étants qui naissent, vivent et meurent, c'est-à-dire ceux-là mêmes qui peuplent le bas monde (et eux seuls), sont concernés par le mouvement spécifiquement physique, à savoir le mouvement ontogénétique. Ainsi, Aristote a certes eu le mérite de penser le mouvement selon l'entrée en présence comme une détermination ontologique fondamentale (et en cela son intuition philosophique constitue un coup d'envoi pour la philosophie de Patočka), mais il n'a pas su étendre ce mouvement au monde en totalité. Le programme philosophique de Patočka est, sur cette base, d'élargir le domaine de cette φύσις ontogénétique, en ne la confinant plus au monde sublunaire. Tout étant, de la pierre à l'amibe et de l'animal à l'étoile, est ainsi soumis à un processus dynamique d'ontogenèse, qui est tout à la fois un mouvement cosmologique, physique et ontologique (ces termes étant semble-t-il équivalents ; nous conclurons cependant ce chapitre en examinant pourquoi les choses en réalité sont plus complexes).