Le tournant du XVIIe au XVIIIe siècle est une période décisive pour l’histoire de la chimie qui passe de la reconnaissance institutionnelle à la contestation de son fondement théorique, pour apparaître au final comme la seule partie de la Physique à pouvoir prétendre atteindre la « vérité certaine ». Ce qui se joue alors n’est rien de moins que la redéfinition de ses principes, à savoir son socle de vérités sur lequel s’appuie la science chimique. Cette période est en fait la dernière étape de l’évolution du rapport entre les deux dimensions – théorique et pratique – dans lesquelles se déploie la chimie, qui a vu, par le développement de l’usage des principes dits seconds, l’ensemble des principes chimiques entrainé vers un réalisme empirique, ayant pour effet d’ôter de la chimie toute cohérence théorique. Aussi l’apparition du mécanisme – pas plus celui de Boyle – n’est-il en réalité responsable du bouleversement que connaît la chimie ; elle n’est pas davantage responsable de sa régénération au tout début du XVIIIe siècle. La conscience de la faiblesse théorique de la chimie va devenir pour elle promesse de vigueur théorique sur la base de ce qui représente sa force : l’expérience. À la suite de la perte de ce qui fut certitude, le chimiste devient un être à ré-instruire. Un chimiste tel que Samuel Cottereau Du Clos illustre parfaitement le passage d’une science chimique comme connaissance des principes à une chimie comme science cette fois du vraisemblable.