La réflexion épistémologique a récemment remis en cause l'ambition unificatrice incarnée dans de prétendus programmes génétiques moléculaires qui impliqueraient la capacité de dériver causalement, au niveau supérieur, le développement organique dans ses aspects structuraux et fonctionnels. On s'est d'abord interrogé sur la réalité, la signification et la portée de tels programmes en raison de l'impossibilité avérée de réaliser la réduction inter-théorique de la génétique néo-mendélienne à la génétique moléculaire. Récemment, une remise en cause plus radicale s'est produite du fait que les processus de développement requièrent toujours d'être situés et expliqués en fonction de contextes épigénétiques englobants où se réalisent des structures intégratives complexes, où s'opèrent des interactions avec les facteurs environnementaux et où la sélection induit des adaptations spécifiques. Dans cette perspective, le modèle épistémologique de la «survenance» ne saurait suffire, sans ajustements, à fonder des représentations théoriques adéquates; il convient de recourir principalement à des schemes d'intégration causale aptes à rendre compte des processus émergents du développement organique. D'où la valeur méthodologique de stratégies analytiques conçues pour s'ajuster au cadre régulateur projeté des systèmes du développement organique.